Počátky osídlování zlatohorska a založení trvalé osady na místě Zlatých Hor (dříve Zuckmantel, Cukmantl) jsou nejasné. Celá tato oblast zahrnuje toky řek Bělé, Olešnice, Zlatého potoka, Opavice a Opavy, které byly zlatonosné.
Dá se proto předpokládat, že toto území mohlo být známo již dříve, než máme první písemné zmínky z počátku 13. století. Někteří historici jsou toho názoru, že zdejší naleziště zlata znali již Keltové (300 let p. n. l.), i když to archeologické nálezy zatím nepotvrzují.

Ve 12. a 13. století probíhala slovanská a následně německá kolonizace Jesenicka. Na první slovanské prospektory poukazují mnohé slovanské názvy řek i osad (řeky Bělá, Olešnice, obec Hradec, Vlčice aj.). Kolonizace byla řízena z polské strany vratislavským biskupstvím a z Moravy jejími knížaty. Pohraniční oblasti mezi těmito útvary se staly nadlouho sporným územím pro své nerostné bohatství, tj. zlato. Roku 1222 vrcholil spor o doly mezi vratislavským biskupem Vavřincem (Lorenzem) a moravským knížetem Vladislavem Jindřichem. Spor nebyl pro smrt knížete vyřešen. Biskup požádal o pomoc papeže Honoria III., který dopisem z 27.1. 1224 žádá českého krále Přemysla Otakara I. (bratra knížete) o vrácení dolů na zlato biskupovi. I když se v listě nepíše výslovně o Zlatých Horách, je to první zmínka o tomto území.

Trvalou osadu zde pravděpodobně založili až němečtí horníci, kteří ovládali složitější techniku dobývání zlata ražením štol. Na ochranu dolů byl vybudován moravskými knížaty hrad Edelštejn, který byl jedním z nejmohutnějších hradů Horního Slezska. Zemská hranice mezi Slezskem a Moravou probíhala tehdy někde mezi Ondřejovicemi a Zlatými Horami. Obce Mikulovice, Hlucholazy, Konradov již patřily biskupovi. K Moravě patřilo tehdy i polské město Prudnik. První výskyt jména Cukmantl (Zlaté Hory) v listinách je z roku 1263.

13. století je obdobím bojů mezi moravskými knížaty a vratislavskými biskupy o nadvládu nad zlatohorskem. To však již okolo roku 1290 patřilo do opavského dílu Slezska, které přidělil král Přemysl Otakar II. jako úděl svému nemanželskému synovi Mikuláši I. Ten roku 1306 udělil Zlatým Horám městská privilegia. Roku 1339 musel syn Mikuláše I., Mikuláš II., odstoupit zlatohorsko králi Janu Lucemburskému. Jednalo se pravděpodobně o zlaté doly. Římský císař Karel IV. však roku 1361 vrátil Zlaté Hory i s okolím Mikuláši II. a po jeho smrti připadly roku 1367 Mikuláši III. Ten je musel pro dluhy přenechat slezskému knížeti v Olešnici, po němž převzal majetek opavský kníže Přemysl. Husitské tažení se města pravděpodobně nedotklo, jelikož 24.6. 1428 se ve Zlatých Horách setkala slezská knížata na jednání k stávající situaci. Ze Slezska byli husité vytlačeni až v roce 1436.

Po smrti Přemysla Opavského došlo roku 1434 k novému dělení majetku mezi čtyři syny. Pánem Zlatých Hor se stal Mikuláš IV. Již roku 1440 ale zastavil další vlastník, kníže Václav - bratr Mikuláše IV., za 800 kop grošů hrad Edelštejn s příslušenstvím opolskému knížeti Bolkovi, přičemž si smluvně vymínil, že výnos dolů mu bude nadále náležet . V tu dobu hrad vyhořel a s ním i všechna městská privilegia. Kníže Bolko hrad roku 1455 opravil, městu udělil magdeburská práva a dolům práva jihlavská. Po smrti bezdětného Bolka převzal jeho dědictví bratr Mikuláš. Roku 1465 došlo k převzetí hradu i města českým králem Jiřím z Poděbrad. Rok 1467 byl významným mezníkem v dějinách města, protože vratislavský biskup Jošt z Rožmberka přepadl hrad Edelštejn hájený hejtmanem Janem ze Žerotína a po dobytí jej zbořil. Roku 1474 byla uzavřena dohoda o koupi a převzetí zlatohorska do držení vratislavských biskupů. Tím přešly Zlaté Hory na několik staletí pod správu vratislavského biskupství.

V počátku této doby prožily Zlaté Hory stagnaci v dolování. Teprve v biskupovi Janu Thurzovi (1506-1520) se našla osobnost, která vyvinula iniciativu pro obnovu dolování. To bylo ztrátové a biskup těžařům odpouštěl jakékoliv poplatky. Dalším podporovatelem důlního podnikání byl biskup Jakub ze Salzy (1520-1539), který dal městu jáchymovský horní řád.

Ke slávě přivedl doly jeho nástupce Balthazar z Promnitz (1540-1563). Za jeho činnosti se razily od roku 1453 mince a od Hlucholaz se začala razit Tříkrálová štola. Ta byla téměř 6 km dlouhá, stála 90 000 zlatých a byla zaplacena z vytěženého zlata. Těžilo se tzv. měkkým dolováním. Město proslavily nálezy dvou valounů zlata. První roku 1590 o váze 1,385 kg a druhý roku 1591 o váze 1,780 kg. Oba byly věnovány císaři Rudolfu II., ale nakonec se ztratily neznámo kam. V tomto období žilo ve Zlatých Horách 1400 - 1900 obyvatel v 268 staveních.

Za třicetileté války prošla městem roku 1645 a 1646-7 drancující švédská vojska. Daleko větší pohromou byly ale čarodějnické procesy. Skutečné pronásledování začalo koncem 30. let po velkém moru, kdy byl kdekdo obviněn z travičství. Další procesy vypukly po roce 1651, kdy bylo upáleno 54 žen převážně z bohatých rodin. Nepochybně se na tom podílel jako přísedící u soudu místní rodák Jindřich František Boblig. Odhaduje se, že zde bylo celkem popraveno 85 osob.

I tak město nyní prodělávalo hospodářský vzestup. Místo hornictví nastoupilo tkalcovství. Roku 1660 pracovalo ve městě 60 tkalcovských mistrů a 200 stavů. Po krátké krizi v odbytu plátna se po roce 1700 staly Zlaté Hory opět významným vývozcem modrobílého plátna tzv. niských cích. Roku 1732 pracovalo ve městě 191 tkalců. Dne 14. 3. 1741 vpadli do města Prušáci. Město zapálili a shořelo 300 domů včetně radnice i školy. V roce 1742 zasáhla město daleko horší rána, která ovlivnila jeho život až do dnešních dnů.
Po uzavření vratislavského míru mezi pruským králem Bedřichem II. a rakouskou císařovnou Marií Terezií se staly Zlaté Hory městem na hranici, odříznutým od přirozeně spádového území Slezska.

Další pohraniční boje v prusko-rakouských válkách 18. století probíhaly ve Zlatých Horách roku 1759 a 1779.

V hornickém podnikání se vyplácela více výroba vitriolu, než těžba zlata. Roku 1751 musel biskup Philipp Gotthard Schaffgotsch odvézt mincovní zařízeni do Vídně a roku 1752 byly městu zrušeny horní svobody. Roku 1788 bylo dolování zlata úplně zastaveno.

Vláda císaře Josefa II. přinesla na zlatohorsku další změny. Parcelací biskupských statků vznikla roku 1786 osada Skřivánkov a roku 1787 Rožmitál. Z hornického města se stalo město textilní výroby. Nejvýznamnějším tkalcovským mistrem byl Josef Münzberg, který rozšířil svou dílnu na manufakturu a roku 1811 na továrnu. Roku 1804 žilo ve městě 2954 lidí a stálo zde 459 domů. Roku 1811 mělo město 488 domů a 3069 obyvatel.